Instytut Oceanografii prowadzi wielodyscyplinarne badania naukowe w strefie przybrzeżnej mórz szelfowych oraz w strefie nerytycznej. Badania te koncentrują się na obszarze południowego Bałtyku (w tym w rejonie Zatoki Gdańskiej), dotyczą także m. in. rejonów polarnych Arktyki i Antarktyki. Poprzez intensywne badania Instytut gromadzi i rozwija wiedzę podstawową       i stosowaną umożliwiającą: (i) ocenę wpływu prowadzonych inwestycji i działalności gospodarczej na środowisko, (ii) racjonalne zarządzanie strefą brzegową, (iii) zrównoważone wykorzystanie żywych i nieożywionych zasobów morza, (iv) efektywną ochronę przyrody morskiej.


Główne kierunki realizowanych badań koncentrują się na takich zagadnieniach jak:

  1. Interdyscyplinarne badania wód przybrzeżnych i występujących tu ekosystemów, szczególnie z obszarów morskich NATURA 2000 u wybrzeży polskich.
  2. Ocena stanu zanieczyszczenia środowiska morskiego i stopnia degradacji ekosystemów przybrzeżnych powstających w wyniku gospodarczej działalności człowieka.
  3. Rozwijanie nowych metod badawczych i opracowywanie modeli ekohydrodynamicznych dla oceny stanu i prognozowania zmian w wybranych akwenach bałtyckich.
  4. Interdyscyplinarne badania skierowane na nowe formy eksploatacji zasobów morza.
  5. Dostarczanie wiarygodnych danych do oceny społeczno-ekonomicznego znaczenia ekosystemów morskich i opracowywanie narzędzi wspierających decyzje związane z zarządzaniem środowiskiem morskim.
  6. Badania zakresu i dynamiki zmian klimatycznych w morzach i oceanach (w tym rejonach polarnych) na funkcjonowanie ekosystemów.